在实际工作中，常见的有以下几种污染类型：扩增产物的污染、天然基因组DNA的污染、试剂的污染以及标本间的污染等。由于一旦发生污染，实验就必须停止，直到找到污染源为止，而且实验结果必须作废，需重新进行实验。所以发生污染后再围绕实验室来寻找污染源不但耗时繁琐，还浪费人力物力。要避免污染，首先应是预防，而不是排除。
（1）各个实验区域设置合理。
（2）各个实验区域要有明显的标记（如醒目的门牌或不同的地面颜色等），以避免各个不同实验区域设备物品、试剂等发生混淆。
（5）PCR专用通道（走廊）应安装洁净洗手池、紧急喷淋装置、洗眼器，水龙头应为感应式、肘开式或脚踏式，而非手动开关。
